Masaru Emoto 1943 júliusában született Jokohamában. A jokohamai egyetem bölcsészettudományi karának nemzetközi kapcsolatok szakán szerzett diplomát. 1986-ban Tokióban megalakította az IHM Vállalatot. 1992 októberében a Sri Lanka-i Colombo Nyílt Nemzetközi Egyetemén Alternatív Gyógyászatból szerzett doktorátust. Jelenleg az IHM Általános Kutatóintézet vezetője és tiszteletbeli elnöke a non-profit szervezetként működő Nemzetközi Víz az Életért Alapítványnak.

Behatóan tanulmányozta a víz helyzetét Földünkön, de nem a tudományos kutató, hanem inkább az eredeti gondolkodó szemszögéből. Ma már az egyik legnépszerűbb víz-szakértőt tisztelik személyében világszerte.

Gyógyítói munkája során mikro víz szemcsés és MRE (Mágneses Rezonancia Elemzés) technológiát alkalmazott. Az MRE fontos információkat juttat el a vízbe a HADO (magyarul rezgés) formájában. Sikeres gyógyítói tevékenysége vezette rá arra a felismerésre, hogy a víz befogadja és megtartja a különböző információkat. Ez a feltételezés régóta él bizonyos - elsősorban homeopátiával foglalkozó vagy vallásos - körökben, miközben tudományosan egyelőre még nem bizonyított, sőt a tudósok többsége egyenesen komolytalannak tekinti vagy egyenesen kineveti az elméletet.

A jégkristályokból ihletet merítve arra a következtetésre jutott, hogy a víz fagyott kristályos formájában mutatja meg igaz természetét. 1994-ben sok próbálkozást és sikertelenséget követően tokiói laboratóriumában sikerült elkészítenie az első vízkristály fényképet. Azóta több tízezer kristály kép készült. Rengeteg vizsgálatot és kísérletet végzett különböző témákban, úgymint "vízminőség", "a negatív és pozitív szavak hatása a vízre", "A zene, a képek, a levelek és szövegek hatása" és "Az imák különböző fajtáinak ereje". Az eredmények azt mutatták, hogy a zene, a szavak, a gondolatok és az imák befolyással bírnak a vízkristályok szerkezetére, ez okozza, hogy jelentős a hatásuk fizikai valóságunkra. A kristályfényképezéssel sikerült felállítani azt a hipotézist, hogy a víz mindenki számára látható módon befogadja és megtartja a kapott információkat. Ezenfelül a vízkristályok harmonikus formájukban csodás műremekekre emlékeztetnek, és így sokak szívét megérintik.

Felesége, Kazuko segítségével 1999-ben magánkiadásban jelentette meg a Víz üzenetei című művét, mely  egyszerre vízkristályképek gyűjteménye és a vízkristályokkal folytatott vizsgálatok eredményének leírása. A Víz üzeneteit több millió példányban jelentették meg világszerte és több, mint húsz nyelvre fordították le rövid időn belül.

További művei: A víz rejtett bölcsessége, A víz igaz hatalma, Szeresd önmagad és a Szerelem formája. Ma már nemzetközileg ismert bestseller író, akinek a neve felkerült a New York Times bestseller listájára is.

A vízkristályok láthatók a Mi a csudát tudunk a világról? című, jelentős közönségérdeklődést elérő és számos díjjal ktüntetett filmben, melynek főhősnője az Legjobb színésznő oscar-díjával is büszkélkedő Marlee Matlin
2008 februárjában mutatták be a Víz című dokumentumfilmet, melyben Emoto kutatásait más világszerte jól ismert víz kutatóéval együtt ismertették.

A vízkristály képeket sokan szeretik, fiatalok és idősek, nemzetiségtől, fajtól, vallástól és szociális helyzettől függetlenül és egyre több és több embert nyűgöz le a vízkristályok üzenete.

Az elmúlt években találkozott a világ vezetőivel és olyan bölcsekkel, mint Őszentsége a XIV. Dalai Láma. Mihail Gorbacsov, Dr. László Ervin és Rupert Sheldrake, aki szintén elismerően szólt a vízkristály fényképekről.
Ezzel párhuzamosan Emoto a vízzel szorosan összefüggő béke nagykövete is.

2003 júliusában megszervezte és vezette a "szeretet és köszönet a vízhez" ceremóniát a galileiai tengerparton, Izraelben. Azóta ezt a ceremóniát évente megrendezik a világ különböző pontjain. 2008 augusztusában Oroszországban, a szibériai Bajkál-tó partján került sor a ceremóniára.
2005 májusában meghírdette az EMOTO BÉKE PROJEKT-et az ENSZ New York-i központjában tartott "A tudomány spirituális dimenziói és a tudatosság albizottsága a spiritualitásban" című konferencián. Az EMOTO BÉKE PROJEKT az ENSZ nemzetközi cselekvési évtized programjának, a Víz az Életért projekt részeként a Víz üzenete című gyermekkönyv ingyenes eljuttatása a világ minden gyermekéhez egy évtizeden belül. A Víz üzenete című gyermekkönyvet 2006 elején adták ki és az ezt követő 10 évben 650 millió példányt kell a világ minden táján élő gyermekek számára adományozni.

2008 márciusában megalapította a MASARU EMOTO IRODÁ-t, azzal a céllal, hogy elősegítse a békét a Földön. Az iroda olyan korlátolt felelősségű társaság, melynek nincs tulajdonosa és önkéntes részvétel útján szerzi a bevételeit. "Cég az embereknek az emberektől, hogy teljesítse mindazon célokat, melyeket a Cég maga elé állít".